Wybrany został do tej komisji także w IV kadencji. W październiku 2001 przeszedł do pracy w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów na stanowisko sekretarza stanu, które zajmował do czerwca 2002. Od 2001 do 2002 był pełniącym obowiązki szefa Urzędu Ochrony Państwa. W czerwcu 2002 mianowany szefem Agencji Wywiadu. W raporcie Komisji do Spraw Służb Specjalnych zarzucono mu udzielanie fałszywych informacji w trakcie wyjaśniania okoliczności zatrzymania byłego prezesa PKN Orlen w 2002; podał się do dymisji w kwietniu 2004. Agencją Wywiadu kierował do maja tegoż roku.
W 2005 po nieudanym udziale w wyborach parlamentarnych wycofał się z polityki. Powrócił do działalności naukowo-dydaktycznej. Został pracownikiem Zakładu Nauki o Bezpieczeństwie w Instytucie Nauk Politycznych na WDiNP UW. Wykładał również w Szkole Wyższej im. Pawła Włodkowica w Płocku.
Wyróżniony Medalem Honorowym im. Józefa Tuliszkowskiego (1996).
Postępowania karne 1 sierpnia 2007 został skazany na karę roku pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jego wykonania na okres próby wynoszący 3 lata za przechowywanie w swoim domu tajnych dokumentów UOP.