Od 1957 roku przedsiębiorstwo otrzymywało Tupolewy Tu-104, jego pierwsze maszyny z silnikami turboodrzutowymi i czwarte tak napędzane na świecie. Od 3 lutego 1962 latano przez atlantyk, do socjalistycznej Hawany. Nazwa handlowa linii do 1995 to OK-JET, malowana na ogonach maszyn Ił-62 latających na zachód, od kodu samolotowego Czechosłowacji i angielskiego określenia jet (potocznie samolot z silnikiem odrzutowym), zmieniona później na OK-CSA.
mały|Ił-62 w 1971 r. Widoczny napis OK-JET zastąpiony później przez OK-CSA
2 lata po rozpadzie Czechosłowacji, w 1995, czeskie linie lotnicze przyjęły swoją obecną nazwę.
W 2007 r. linia powołała taniego przewoźnika pod nazwą click4sky. 5 grudnia 2012 linia ogłosiła uruchomienie lotów z Pragi do Seulu, które wystartowały w 2013 i obsługiwane były samolotem Airbus A330-300.
Problemy finansowe i prywatyzacja W 2005 r. sytuacja finansowa Czech Airlines gwałtownie się pogorszyła. Linia lotnicza wygenerowała dalsze straty operacyjne pomimo dochodu w wysokości 2,1 mld CZK ze sprzedaży prawie wszystkich nieruchomości i 1,2 mld CZK ze sprzedaży samolotów. W latach 2005–2010 spółka Czech Airlines wygenerowała stratę operacyjną w wysokości 3,4 mld CZK;