Podczas II wojny światowej miasto znajdowało się pod okupacją niemiecką od 1941 do 1944 roku. W Nowogrodzie stacjonowały także oddziały hiszpańskiej Błękitnej Dywizji. Część mieszkańców, wcześniej represjonowana przez władze sowieckie, kolaborowała z władzami okupacyjnymi, m.in. znany archeolog Wasilij Ponomariow czy architekt Boris Filistinski. W czasie wojny Hiszpanie skradli i wywieźli krzyż z kopuły soboru św. Sofii, który został zwrócony Rosjanom w 2004 roku.
thumb|Sowieccy żołnierze podczas wyzwolenia Nowogrodu w 1944 Operacja leningradzko-nowogrodzka i ofensywna operacja nowogrodzko-łużska doprowadziły do wyzwolenia miasta 20 stycznia 1944 roku. 5 lipca 1944 roku dekretem Prezydium Rady Najwyższej ZSRR utworzono obwód nowogrodzki.
W grudniu 1947 roku w Nowogrodzie odbył się ostatni jawny proces nazistowskich zbrodniarzy wojennych w ZSRR.
thumb|Nowogród w 1956 roku W latach powojennych trwała stopniowa odbudowa miasta. Do 1953 roku produkcja przemysłowa Nowogrodu przekroczyła poziom sprzed 1941 roku. W kolejnych dekadach miasto przeżywało rozwój przemysłu wraz z powstaniem przedsiębiorstw elektronicznych;