W 1939 r. Rostworowski ukończył III Gimnazjum im. Jana Sobieskiego w Krakowie. W czasie wojny, po powrocie z ewakuacyjnej wędrówki, mieszkał w majątku Wójcza należącym do spokrewnionych z nim Popielów. Następnie, od 1943 r., zamieszkał w Ruszczy, gdzie pracował jako księgowy. Dojeżdzał na tajne komplety do Krakowa. W 1941 r. dwukrotnie podchodził do matury. Po raz pierwszy otrzymał prawie same oceny niedostateczne, w tym także z historii. Za drugim razem oceny z egzaminów maturalnych były już lepsze, choć nadal Rostworowski miał poprawkę z historii. Tak słabe wyniki, jak stwierdzał przyszły historyk, były związane z trudnym okresem okupacji, nauką z posiadanych podręczników, jakie znalazł u gospodarzy, u których mieszkał, oraz braku planu i systematyczności nauki. Przystępując do egzaminu maturalnego, jak sam mówił, nie znał nawet przebiegu szlaku bojowego Legionów Piłsudskiego.