Rozpoznanie thumb|240px|Produkty DNA otrzymanego z BAL pacjenta z infekcją płuc powielone w PCR i poddane rozdziałowi elektroforetycznemu na żelu agarozowym. S – standardowy pasek prążków (100 pz); 1 – produkt otrzymany w amplifikacji ze starterami pAZ102-E/pAZ102-H o długości 346 pz; 2 – produkt 550 pz otrzymany w zagnieżdżonym PCR ze starterami 1724F/ITS2R (pierwszy etap) i ITS1F/ITS2R1 (drugi etap). Produkty te są charakterystyczne dla P. jiroveci.
Nie ma objawów klinicznych patognomonicznych dla pneumocystozy. Na rozpoznanie takie mogą wskazywać zmiany w rtg i TK klatki piersiowej dające obraz „mlecznej szyby”, narastające objawy niedotlenienia (gazometria wykazująca hipoksemię), limfopenia, hipoalbuminemia, odchylenia w stanie immunologicznym. Badanie plwociny i popłuczyn oskrzelowo-pęcherzykowych uzyskanych podczas bronchoskopii lub odkrztuszonych po inhalacji stężonego roztworu NaCl na obecność pasożytów daje niepewne wyniki. Rzadko wykonuje się przezskórną lub przezoskrzelową biopsję tkanki płucnej.