Rzadziej stosuje się elektroforezę w niedenaturujących warunkach, bez SDS. Na rozdział taki ma wpływ wtedy również natywny ładunek białka, ponadto interakcje między białkami, więc skutek takiego rozdziału jest nieprzewidywalny (na przykład jedne białka mogą migrować w stronę jednej elektrody, inne w stronę drugiej).
Elektrotransfer białek Następnie rozdzielone białka w żelu zostają przeniesione (odciśnięte, ang. blotting) w wyniku działania pola elektrycznego na membranę, gdzie zostają związane. Używa się w tym celu najczęściej membrany nitrocelulozowej lub PVDF. Membrany PVDF są bardziej wytrzymałe mechanicznie i mniej wrażliwe na działanie rozpuszczalników organicznych. Najrzadziej używanymi membranami w immunoblottingu są membrany nylonowe. Efektywność przeniesienia białek z żelu na membranę można ocenić, wybarwiając ją odwracalnie pąsem S (Ponceau S). Po obserwacji barwnik można szybko usunąć przez przemywanie i przystąpić do dalszych analiz.
Wyróżnia się dwa typy elektrotransferu – mokry i półsuchy. Transfer mokry przebiega w naczyniu wypełnionym buforem. Żel, membrana i bibuły Whatmana tworzące „kanapkę” pomiędzy dwiema elektrodami ułożone są pionowo.