W tym czasie grał głównie role drugoplanowe m.in. w Buncie na Bounty (1935).
Dwa dni po wybuchu II wojny światowej podjął decyzję o powrocie do ojczyzny i ponownym wstąpieniu do British Army. W lutym 1940 otrzymał przydział porucznika w pułku Rifle Brigade (The Prince Consort's Own). Wkrótce przeniósł się do Commando, gdzie dowodził oddziałem Phantom, a 18 sierpnia 1941 został awansowany na kapitana. Brał udział między innymi w lądowaniu w Normandii i operacji Copperhead; w trakcie służby zagrał także w dwóch filmach propagandowych: The First of the Few (1942) i The Way Ahead (1944). Niven został zdemobilizowany w stopniu podpułkownika. Po powrocie do USA odznaczony Legią Zasługi.
Do kina wrócił tuż po zakończeniu wojny, występował głównie w produkcjach brytyjskich i amerykańskich. Chętnie współpracował z telewizją. W 1971 wydał autobiografię Księżyc jest balonem (The Moon’s A Balloon).