W 1965 roku uchwałą Rady Państwa zostaje mu nadany tytuł profesora zwyczajnego.
Jako dziekan Wydziału Automatyki był jedynym profesorem, który w marcu 1968 czynnie przeciwstawił się partyjno-policyjnej nagonce na studentów i na znak protestu demonstracyjnie opuścił zebranie Senatu Politechniki prowadzone przez ówczesnego rektora Jerzego Szubę. Kosztowało go to dziekanat, kierownictwo katedry i poważne ograniczenie badań naukowych. Wypadki marca 1968 roku, wystąpienia nauczycieli akademickich i młodzieży przyniosły jako jeden ze skutków likwidację tradycyjnych komórek organizacyjnych wyższych uczelni – katedr, a następnie ich scalanie w jednostki większe – instytuty. W wyniku dwóch kolejnych reorganizacji Uczelni Katedra Elektroniki Przemysłowej zostaje w 1968 roku wpierw przemianowana na Katedrę Elektroniki, a w 1971 roku staje się częścią Instytutu Konstrukcji i Technologii Urządzeń Automatyki i Elektroniki. Po dojściu Gierka do władzy prof. T. Zagajewski zostaje mianowany zastępcą dyrektora ds. nauki tego Instytutu. W 1974 r. zostaje dyrektorem nowo utworzonego Instytutu Elektroniki, którym kieruje do 1983 r.