To w niej znajdowały się główne instytucje państwowe (urzędy stołeczne, trybunały, dwór królewski), największe miasta, a także drugi najstarszy uniwersytet w Europie Środkowej. Proces ten, a także kolonizacja Rusi polskimi osadnikami, doprowadziły do napięć na tle społecznym. Ważnym ich czynnikiem była wyznawana religia. Większość przedstawicieli szlachty polskiej i spolonizowanej była katolikami lub protestantami, natomiast ludność chłopska na wschodnich ziemiach Rzeczypospolitej wyznawała prawosławie. Konflikty dodatkowo narosły po zawiązaniu unii brzeskiej.
Pod wpływem reformacji duża część szlachty przyjęła wyznania protestanckie (luteranizm, kalwinizm i bracia polscy). Różnorodność wyznawanych religii, a także tolerancyjne traktowanie jednej z największych w Europie mniejszości żydowskich, sprawiły, że Rzeczpospolita zyskała przydomek „państwa bez stosów”. Wprawdzie w efekcie kontrreformacji większość szlachty powróciła do kościoła katolickiego, ale proces ten przebiegał pokojowo, głównie poprzez propagandę i szkolnictwo jezuickie. Dopiero po potopie szwedzkim doszło do prześladowań braci polskich i ich wygnania z kraju.