Na początku okupacji niemieckiej w 1941 roku w miasteczku miał miejsce pogrom ludności żydowskiej dokonany przez miejscowych Ukraińców, podczas którego zabito 2 osoby. Niemcy zamknęli 1,5 tysiąca żydowskich mieszkańców Włodzimierca w getcie. 28 sierpnia 1942 roku oddział SD z Równego przy pomocy niemieckiej żandarmerii i ukraińskiej policji zlikwidował getto rozstrzeliwując około 1300 Żydów w lesie około 1 km od Włodzimierca. Kilkadziesiąt osób zdołało zbiec i uniknąć egzekucjiХолокост на территории СССР: Энциклопедия, Moskwa 2009, s.167.
W nocy z 7 na 8 lutego 1943 roku Włodzimierzec był miejscem pierwszej akcji bojowej przeprowadzonej przez oddział banderowskiej UPA. Po akcji oddział udał się do kolonii Parośla I, gdzie dokonał masowego mordu na Polakach, uznawanego za początek rzezi wołyńskiejGrzegorz Motyka, Od rzezi wołyńskiej do akcji „Wisła”, Kraków 2011, , s.90-93.