Tego ostatniego umieszcza się nieraz w odrębnej rodzinie Huayangosauridae , zdefiniowanej przez Galtona i Upchurcha w 2004 w analogiczny sposób: wszystkie stegozaury bliżej spokrewnione z Huayangosaurus, niż ze Stegosaurus. Jednak zawierając pojedynczy niższy takson jest ona monotypowa, czyli z punktu widzenia kladystyki zbędna. Z drugiej strony inni naukowcy zaliczają do niej również czungkingozaura. Z uwagi na swoją pozycję huajangozaur może stanowić punkt odniesienia w przypadku nowo odkrytych stegozaurów, stanowiąc grupę zewnętrzną względem Stegosauridae. Umieszczanie go w Huayangosauridae nie przeszkadza określać go jako bazalnego przedstawiciela Stegosauria. Spośród innych stegozaurów z kolei za najprymitywniejszego uważa się opisanego w 2007 Jiangjunosaurus junggarensis, choć wykonany 5 lat wcześniej kladogram na podstawie badań 277 rodzajów autorstwa Pisaniego, Yatesa, Langera i Bentona najbliżej huajangozaura (będącego grupą zewnętrzną względem reszty Stegosauria) sytuował dacentrura.