Produkcja Przygotowania i scenariusz Początkowo seria Heisei miała zakończyć się poprzednim filmem Godzilla kontra Mechagodzilla II (1993), jednak dobre przyjęcie filmu, jak i opóźnione prace nad amerykańską wersją Godzilli zachęciły Tōhō, by powstała w trybie pilnym kolejna część. Jako że główna ekipa pracująca nad filmami z Godzillą była zajęta przy produkcji (1994), w tworzeniu następnego filmu uczestniczyli w niej twórcy nie mający doświadczenia w filmach kaijū, tacy jak reżyser Kenshō Yamashita i scenarzysta Kanji Kashiwa.
Pierwotnym pomysłem na film był , w którym na Ziemię przybywa kosmita łudząco podobny do Króla Ghidory. Gdy uznano, że potwór będzie postrzegany jako zbyt podobny do Orochiego występującym w Yamato Takeru, zastąpiono go kosmiczną wersją Godzilli. Projekt przemianowany na opowiadał jak kosmiczny klon Godzilli powstały przez komórki Biollante przybył na Ziemię z będącymi w nim symbiozie armią kosmicznych ważek. Potwory porwały małego Godzillę tylko po to, by zwabić Godzillę i osłabić go. W finale miała odbyć się bitwa pomiędzy Godzillą, Mechagodzillą z poprzedniego filmu i kosmicznym Godzillą. Kierownik efektów specjalnych Kōichi Kawakita uznał udział Mechagodzilli za zbyt powtarzalny i zamiast tego wziął Moguerę z filmu Tajemniczy przybysze (1957).