10 kwietnia 2010 zginął w katastrofie polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. Jego ciało zostało poddane kremacji. Pochowany 20 kwietnia 2010 na Cmentarzu w Wilanowie.
Życie prywatne Syn Henryka i Heleny. Mąż Małgorzaty Sekuły-Szmajdzińskiej, późniejszej radnej Warszawy i posłanki na Sejm. Ojciec Agnieszki i Andrzeja.
Odznaczenia i wyróżnienia Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (2010, pośmiertnie). Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (1989) Odznaka pamiątkowa Ministerstwa Obrony Narodowej – 2001, ex officio Order Gwiazdy Białej I klasy (Estonia, 2002) Rycerz Komandor Orderu Imperium Brytyjskiego (2004, Wielka Brytania) Honorowe obywatelstwa: Jeleniej Góry (2002), Bolkowa (2004), Dolnego Śląska (2010, pośmiertnie), Lubina (2010, pośmiertnie), Wrocławia (2010, pośmiertnie) i Legnicy (2011, pośmiertnie)
W 2010 odsłonięto poświęconą mu tablicę pamiątkową przy stadionie Oporowska, a 10 kwietnia 2011 tablicę pamiątkową przed siedzibą SLD przy ul. Wojska Polskiego w Jeleniej Górze.
11 kwietnia 2012 imię Jerzego Szmajdzińskiego otrzymała Sala Reprezentacyjna w siedzibie Ministerstwa Obrony Narodowej.