W maju 1688 król zakupił plac, z przeznaczeniem na dziedziniec i ogrody, rozciągający się od kościoła do pałacu biskupa ZbąskiegoNa miejscu pałacu bp. Zbąskiego stanął około 1774 pałac Teppera – bankiera, zniszczony w 1944 w czasie powstania i nie odbudowany ponieważ znajdował się dokładnie nad wlotem do tunelu trasy W-Z.
Ostateczny projekt realizacyjny kościoła przygotował prawdopodobnie Tylman z Gameren. Papież Innocenty XII w brewe z 1 grudnia 1694 wcielił fundacje (wyniesione później do stopnia klasztory) w Warszawie i Krakowie do prowincji toskańskiej, zakazał zakonnikom opuszczania konwentów bez zgody Stolicy Apostolskiej, wyjął braci spod jurysdykcji biskupa diecezjalnego i zezwolił na utworzenie nowicjatu dla 12 Polaków. Nowym kommissarzem jeneralskim kapucynów w Polsce został o. Franciszek Arrezzi. Tak opisuje przybycie o. Arrezzi do Warszawy J. Bartoszewicz (pisownia oryginalna): O. Arrezzi do tego stopnia przejął się wyglądem kościoła, że potrzebna była aż dyspensa papieska (...Porzućcie więc skrupuły, a wsparci sprawiedliwem przekonaniem Jego świętobliwości, módlcie się... tak pisał kardynał Ajaccioli do o. komisarzaMichał Baliński Pisma historyczne t. IV, Warszawa, 1843 s.