Opis Pomysłodawcą Centrum Nauki Kopernik był Łukasz Turski, profesor fizyki teoretycznej, popularyzator nauki zajmujący się także upowszechnianiem fizyki. Instytucja, powołana w 2005 roku, otrzymała nazwę na cześć astronoma i odkrywcy, Mikołaja Kopernika. Jego działalność badawcza, oparta na obserwacji, analizie i weryfikowaniu hipotez, jest często wskazywana jako przykład podejścia naukowego i krytycznego myślenia, którego upowszechnianiem zajmuje się Centrum Nauki Kopernik. Centrum finansowane jest przez Miasto Stołeczne Warszawa, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz Ministerstwo Edukacji Narodowej
W latach 2007–2008 Centrum Nauki Kopernik dwukrotnie zostało wyróżnione nagrodą Popularyzator Nauki, przyznawaną przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz serwis „Nauka w Polsce” Polskiej Agencji Prasowej.
Centrum Nauki Kopernik od 2008 jest też, wraz z Polskim Radiem, współorganizatorem Pikniku Naukowego.
W 2011 Centrum gościło konferencję ECSITE (European Network of Science Centres and Museums) – jedno z największych wydarzeń w środowisku centrów nauki i muzeów na świecie W 2025 konferencja odbyła się w Koperniku po raz drugi.