Firma Heinkel jest najbardziej znana jako producent samolotów bojowych dla niemieckiej Luftwaffe używanych podczas II wojny światowej. Pierwszymi bombowcami Heinkla były przebudowane do tej roli samoloty He 70 i He 111, który stał się podstawą niemieckiego lotnictwa bombowego. Wytwórnia dostarczyła także najcięższy bombowiec Luftwaffe Heinkel He 177 Greif, który jednak nie został wyprodukowany w dużych ilościach. Wytwórnia Heinkel Flugzeugwerke próbowała również swoich sił w konstrukcji samolotów myśliwskich, ale z dużo mniejszym powodzeniem. Pierwsza maszyna Heinkel He 112 przegrała rywalizację z konstrukcją Messerschmitta Bf 109, a jego wersja rozwojowa Heinkel He 100 nie została przyjęta na uzbrojenie ze względu na nieprzychylną opinię Ministerstwa Lotnictwa Rzeszy (niem. Reichsluftfahrtministerium).
Kolejnym projektem firmy był nocny myśliwiec He 219 Uhu, który również ze względu na nieprzychylne opinie polityczne nie został wdrożony do masowej produkcji, a był budowany jedynie w ograniczonych ilościach.