Po 17 września 1939 r. okupowany przez wojska sowieckie i następnie włączony do ZSRR (Ukraińska SRR). W latach 1941–1944 pod okupacją niemiecką w dystrykcie Galicja Generalnego Gubernatorstwa. Ponownie okupowany przez wojska sowieckie w 1944 r. i włączony do ZSRR.

Według działaczy kresowych, Henryka Komańskiego i Szczepana Siekierki, w latach 1942–1943 wszyscy Żydzi zostali wymordowani przez Niemców, wspieranych przez Ukraińską Policję Pomocniczą, a w latach 1943–1944 z rąk nacjonalistów ukraińskich z OUN - UPA zginęło 23 Polaków, w tym inż. Adam Ziarnko i nauczyciel Henryk Jakubów, który jako ppor. rezerwy był komendantem placówki Armii Krajowej.

Z Zabłotowa pochodzi Otton Nikodym, polski matematyk uznany za wkład w rozwój teorii miary, analizy funkcjonalnej, równań różniczkowych i opisowej teorii mnogości, jeden z założycieli Polskiego Towarzystwa Matematycznego w 1919. W 1889 w Zabłotowie urodził się Ernest Giżejewski.