Początkowo pełnił służbę jako samolot pasażerski i transportowy. Pod koniec 1933 zaczęto go przystosowywać również do celów militarnych. Wobec przedłużających się prac nad nowymi typami bombowców dla Luftwaffe, Ju 52 został zaproponowany jako zastępczy samolot bombowy, umożliwiający szkolenie załóg do czasu otrzymania seryjnych bombowców Dornier Do 11. W ten sposób powstała zmilitaryzowana wersja, oznaczona Ju 52/3m g3e, określana jako Behelfsbomber (niem. bombowiec pomocniczy). Została ona skierowana do produkcji seryjnej, podobnie jak następne wersje militarne, różniące się szczegółami uzbrojenia i wyposażenia. Opracowano również, zbudowaną w niewielkiej serii, wersję wodnosamolotu. Zbudowana została w szwedzkiej filii Junkersa - AB Flygindustri. Potraktowano ją jako osobny model K 45.
Kiedy lotnictwo niemieckie zaczęło otrzymywać nowe typy bombowców, od 1 stycznia 1937 roku kontynuowano tylko produkcję w wersji transportowej i wykorzystywano nadal Ju 52 w wersjach pasażerskiej i transportowej. W trakcie służby samolot doczekał się licznych przeróbek. Produkowano go m.in.