Jako zbohemizowany Niemiec zdołał jednak przekonać do siebie wiernych i pozostał w diecezji.
W 1921 roku arcyksiążę Eugeniusz Ferdynand Habsburg mianował go wizytatorem generalnym zakonu krzyżackiego i wskazał swoim następcą na urzędzie wielkiego mistrza. W 1923 r. wolę tę poparła Kapituła Generalna i Norbert Klein został zwierzchnikiem zakonu. Decyzja o przyjęciu nowej godności nie spotkała się jednak z przychylnością Czechów.
Krytyka publiczna nominacji i skarga do Stolicy Apostolskiej spowodowały papieskie śledztwo w sprawie porządków w zakonie, które jednak nic nie wykazało. 4 stycznia 1926 r. biskup Klein pod wpływem nacisków społecznych i oskarżeń o germanofilię zmuszony został jednak opuścić diecezję brneńską i zrzec się urzędu ordynariusza. Został biskupem tytularnym Syene i zamieszkał w pałacu wielkich mistrzów krzyżackich w Bruntálu. Rezydował tam do końca życia.
Reformy w zakonie krzyżackim W 1925 roku pod wpływem Norberta Kleina doszło do gruntownej reformy statutów zakonu krzyżackiego.