Kolejne modyfikacje maszyny polegające na wydłużeniu kadłuba, zastosowaniu dodatkowych listew na krawędziach natarcia skrzydeł spowodowały znaczne poprawienie stabilności płatowca i w konsekwencji przemianowanie projektu na Me 410.
Samolot Me 410 wyposażono w nowe silniki Daimler-Benz DB603A w układzie odwróconego V o mocy startowej 1750 KM (1287 kW) i 1850 KM na pułapie operacyjnym. Zastosowanie nowych jednostek napędowych umożliwiło rozpędzenie maszyny do prędkości 628 km/h. Wzrosły też prędkość wznoszenia, maksymalny pułap i prędkość przelotowa do 580 km/h, pomimo wzrostu masy samolotu o 680 kg w stosunku do pierwowzoru. Samolot mógł unieść więcej uzbrojenia niż mieściło się w komorze bombowej, dlatego pod skrzydłami dodano cztery zaczepy na bomby 50 kg.
Messerschmitt Me 410 był maszyną jakiej oczekiwała Luftwaffe. W połowie 1943 roku rozpoczęto dostawy maszyn do jednostek.