Samolot rozpoznawczy Ju-86P-2 z dwoma silnikami Jumo 207 B-3 osiągał pułap 12 500 m, był wyposażony w trzy automatyczne kamery obrazowe RB 75x30 o długiej ogniskowej i mógł przenosić w kadłubie maksymalnie 5 bomb o masie 50 kg. Gdy kilka samolotów nie wróciło z lotów bojowych nad Wielką Brytanią za sprawą nowej wysokościowej wersji myśliwców Supermarine Spitfire wymusiło to opracowanie samolotu Ju-86 latającego jeszcze wyżej. W 1941 opracowano ostatnią wersję wysokościową, która otrzymała nowe skrzydła o większej rozpiętości, nowe silniki ze śmigłami oraz dodatkowo trzeci silnik w kadłubie do napędu sprężarki centralnej działającej na potrzeby silników marszowych. Do tej wersji przebudowano niewielką część bombowców. Teoretyczny pułap takiego samolotu wynosił blisko 16 km i był większy od wszystkich myśliwców używanych po drugiej stronie frontu. Samoloty te wykonały wiele lotów na rozpoznanie fotograficzne Wysp Brytyjskich, Rosji, Afryki Północnej.
Ostatecznie Ju 86 okazał się najmniej udanym średnim bombowcem, tym bardziej, że Do 17 produkowano w większej liczbie jako samolot rozpoznawczy dalekiego zasięgu. Ostatecznie z powodu problemów z silnikami i starzejącą się konstrukcją Ju-86 zastąpiony został przez He 111.