Jednak jeszcze w tym samym roku Duwa, współdziałając z siłami Wielkiego Chana, przedsięwziął zdradziecki atak na zwolenników Czepera, który w roku 1309 został ostatecznie pokonany przez Kebeka (ok. 1320–1327) i nie pozostało mu nic innego jak poddać się władzy Wielkiego Chana. Tym samym imperium założone przez Kajdu upadło, a większość jego terytorium przypadło Czagataidom.
Rozpad Chanat dzielił się na dwie wyraźne części. Pierwszą z nich był Mawarannanhr, od tysiącleci posiadający rozwiniętą kulturę miejską i od stuleci muzułmański. Drugą zaś ogromny obszar stepowy rozciągający się od górnego Irtyszu i rzeki Ili do gór Tienszan i od Fergany do jeziora Bałchasz. Był on słabo zaludniony, głównie przez koczowników pochodzenia tureckiego i mongolskiego, chociaż w jego centrum znajdowało się kilka starożytnych miast, takich jak Kaszgar i wspomniany już Ałmałyk. Nomadzi ci nazywali siebie Mogołami, stąd w XIV wieku region ten zaczęto nazywać Mogolistanem. W Mawarannahrze nazywano ich bandytami, dżatta, co wiązało się z tym, że chętnie podejmowali oni wyprawy rabunkowe na zachodnią część chanatu.