599 HGTE Odmiana 599 HGTE przedstawiona została w marcu 2009 roku. Zyskała ona przeprojektowaną atrapę chłodnicy, inny wygląd dyfuzora, zastosowano usportowione oraz obniżone zawieszenie, zmieniono układ wydechowy oraz usprawniono przekładnię biegów. We wnętrzu pojawiło się więcej elementów wykonanych z karbonu oraz nowe, sportowe fotele. Ostatnią ważną zmianą w tym modelu było także zastosowanie nowego wzoru 20-calowych alufelg.
599 HY KERS Model HY KERS zadebiutował w marcu 2010 roku jako pierwszy model Ferrari z napędem hybrydowym. Kluczowym rozwiązaniem zastosowanym w tym modelu, jest system hamowania rekuperacyjnego odzyskujący energię z hamowania. Standardowa jednostka napędowa pochodziła z modelu 599 GTB Fiorano; 12 cylindrów w układzie „V”, pojemność 6.0l i moc maksymalna 620KM. Silnik elektryczny to z kolei jednostka o mocy 100KM dysponująca 137 Nm. Silnik ten znajduje się z tyłu 599 HY KERS, podczas gdy normalna jednostka napędowa jest umieszczona z przodu auta. Pojazd powstał w jednym egzemplarzu jako pojazd testujący technologię.