14 czerwca 1226 Fryderyk II nadał Lubece przywilej wolnego miasta Rzeszy (specialis civitas et locus imperii), który oznaczał, że miasto podlegało bezpośrednio cesarzowi. Głównymi korzyściami płynącymi z tego przywileju były prawo do samodzielnego pobierania podatku oraz cła, a także prawo do odrębnego sądownictwa. Rozwój miasta nabrał przyspieszenia, również za sprawą nowego typu statku tzw. kogi, który pozwalał na transport znacznie większych ładunków niż dotychczas.
Zagrożenie ze strony Danii zostało zażegnane po zwycięskiej obronie w bitwie pod Bornhøved, kiedy połączone siły Bremy, Lubeki i Hamburga pokonały wojska Waldemara II. W 1243 Lubeka zawarła przymierze handlowe z Hamburgiem, do którego dołączyły wkrótce inne miasta regionu: Brunszwik, Lüneburg, Magdeburg i Kolonia. To nieformalne zrzeszenie miast pod przewodnictwem Lubeki dało początek związkowi miast, tzw. Hanzie. Wkrótce Lubeka stała się głównym portem Hanzy (zwano ją nawet królową hanzy – Königin der Hanse), a przez to najważniejszym miastem handlowym ówczesnej Europy północnej. W 1340 cesarz Ludwik IV Bawarski nadał Lubece prawo bicia monet (). W 1356 w Lubece miał miejsce pierwszy zjazd członków Hanzy.