Konsolidacja pomiędzy bankami regionalnymi rozpoczęła się oficjalnie w 1990 roku, w celu zmniejszenia kosztów. Celem było zmniejszenie o połowę liczby banków regionalnych, a cel ten został przekroczony na przełomie XXI wieku.

W 1993 r. Lucien Douroux, który kierował planem prywatyzacji banku, został pierwszym dyrektorem generalnym CNCA, mianowanym przez Crédit Agricole spośród obecnych pracowników.

W 1996 r. grupa nabyła Indosuez, a następnie utworzyła Indocam, spółkę zależną zajmującą się zarządzaniem aktywami (przemianowaną w 1999 r. na Crédit Agricole Asset Management) oraz Crédit Agricole Indosuez dla bankowości korporacyjnej i inwestycyjnej. W 1999 r. Grupa objęła udziały w nowo sprywatyzowanym Crédit Lyonnais i przejęła spółkę zajmującą się finansowaniem konsumentów – Sofinco.

W 2001 roku CNCA zadebiutowało na giełdzie pod nazwą Crédit Agricole S.A. Jednak zgodnie ze spółdzielczym statusem grupy, większość akcji pozostało w posiadaniu 44 kas regionalnych.