Po dymisji z rządu Juryj Zacharanka blisko związał się z opozycją sprzeciwiającą się władzy prezydenta Łukaszenki. Utworzył Związek Oficerów – niezależną od władz organizację białoruskich wojskowych. Aktywnie uczestniczył w praktycznie wszystkich publicznych akcjach opozycji. W 1996 roku został członkiem Rady Politycznej opozycyjnej Zjednoczonej Partii Obywatelskiej. W lutym 1998 roku wszedł w skład utworzonego przez opozycję Narodowego Komitetu Wykonawczego. Pełnił w nim funkcję przewodniczącego Komitetu Bezpieczeństwa.
Porwanie Juryj Zacharanka został porwany w drodze do domu przez nieznanych sprawców, 7 maja 1999 roku, w rejonie prospektu Żukowskiego w Mińsku. Zdarzenie to zostało zauważone przez świadków, którzy następnie złożyli zeznania śledczym. Prokuratura jednak nigdy nie wyjaśniła, gdzie znajduje się zaginiony, ani kto odpowiada za jego porwanie. Wkrótce po zdarzeniu opozycyjna Rada Koordynacyjna Sił Demokratycznych wydała oświadczenie, że porwanie było motywowane politycznie, a władze rozpoczęły realizację planu neutralizacji opozycji. Były oficer specnazu Uładzimir Baradacz zarzucił wykonywanie porwań Radzie Bezpieczeństwa Białorusi.