Powstanie styczniowe 4 marca 1863 udał się wraz ze swymi uczniami na pole walki i dotarł do obozu Mariana Langiewicza w Goszczy. 10 marca 1863 został mianowany generalnym kwatermistrzem wojsk powstańczych w stopniu generała brygady. Towarzyszył Langiewiczowi w przejściu do GalicjiLangiewicz przekraczał granicę podając się za Waligórskiego i legitymując się jego szwedzkim paszportem.. Waligórski brał udział w walkach na Lubelszczyźnie (Kobylanka, Huta Krzeszowska) w oddziałach gen. Antoniego Jeziorańskiego. W czerwcu 1863 r. został naczelnikiem wojskowym województwa lubelskiego i na tym stanowisku pozostał do listopada. Przebywał głównie w Galicji zajmując się formowaniem nowych oddziałów i koordynacją ich działań w południowej części Królestwa.
16 października 1863 r. Waligórski ze swoim oddziałem liczącym około 600 powstańców wkroczył w granice Królestwa w rejonie Tarnogrodu. 22 października oddziały pod jego dowództwem zostały rozbite przez Rosjan w bitwie pod Łążkiem Zaklikowskim. Sam Waligórski powrócił do Galicji. Ostatnią znaną bitwą, w której uczestniczył Waligórski jest zwycięska potyczka stoczona 18 listopada w miejscowości Puchaczów. Po klęsce pod Łążkiem postawiono Waligórskiego pod sąd i decyzją z 2 lutego 1864 r.