Obecność Neptuna ma olbrzymi wpływ na strukturę Pasa z powodu rezonansu orbitalnego. W skali miliardów lat grawitacja Neptuna destabilizuje orbity wszystkich obiektów w odpowiednich regionach, wysyłając je albo do wewnątrz układu, albo w przestrzeń międzygwiezdną. W efekcie Pas Kuipera zawiera wyraźne luki, analogiczne do przerw Kirkwooda w pasie planetoid. Przykładowo w obszarze pomiędzy 40 a 42 au żaden obiekt nie może znajdować się długo i wszystkie zaobserwowane tam obiekty musiały się tam znaleźć stosunkowo niedawno.
Klasyczny Pas Kuipera Mniej więcej pomiędzy 42 a 48 au wpływ Neptuna można zaniedbać i obiekty tam znajdujące się pozostają na stabilnych orbitach. Obszar ten nazywa się klasycznym Pasem Kuipera i zawiera około dwie trzecie dotychczas zaobserwowanych obiektów Pasa. Są one wspólnie nazywane cubewano, od nazwy pierwszego zaobserwowanego tam obiektu, 1992 QB1 (od skrótu „QB1”; angielska wymowa: „ku-bi-uan” – utworzono nazwę „cubewano”).