Kolejnych dowodów istnienia Pasa Kuipera dostarczyły badania komet. Od dawna wiadomo było, że mają one ograniczony czas istnienia. Gdy zbliżają się do Słońca, są nagrzewane i tracą część swojej masy, która w postaci gazów ulatuje w przestrzeń. Te, które można zaobserwować w dzisiejszych czasach, musiały zatem przez kilka miliardów lat istnienia Układu przebywać z dala od Słońca. Jednym z miejsc, skąd mogą pochodzić, jest Obłok Oorta – hipotetyczny sferyczny rój komet znajdujących się tysiące au od Słońca. Stamtąd prawdopodobnie pochodzą komety długookresowe, takie jak kometa Hale’a-Boppa, o okresach obiegu rzędu tysięcy lat.
Komety krótkookresowe, o orbitach poniżej 200 lat, mają niewielką szansę pochodzić stamtąd. Musiałyby wpierw przejść w pobliżu dużej planety, która zmieniłaby ich orbitę. Duża liczba takich komet odkrywanych od lat 70. przeczyła hipotezie, że wszystkie pochodzą z Obłoku Oorta. W 1980 roku Julio Fernandez wyliczył, że na każdą kometę wysłaną w kierunku wewnętrznego Układu Słonecznego powinno przypadać 600 wysłanych w przestrzeń pozaukładową. Spekulował, że obserwowana liczba komet wymaga istnienia dużego ich zasobu w odległości między 35 a 60 au od Słońca.