Na początku lipca 1944 r. Zamojska, w obawie przed rozkradzeniem po nadejściu frontu, wywiozła do znajomych do Warszawy część wyposażenia pałacu i zgromadzonych w nim pamiątek, jak miniatury, medaliony, wyroby porcelanowe i z kości słoniowej, najcenniejsze zbiory rodzinne, dzieła sztuki. Majątek ten został później całkowicie zniszczony podczas powstania warszawskiego. Około 20 lipca 1944 pałac w Kozłówce został zajęty przez Armię Czerwoną i przez pewien czas służył jako kwatera dowódcy. Urzędujący w nim oficer Armii Czerwonej osobiście dopilnował, aby pozostawione i nie wywiezione do Warszawy zbiory i wyposażenie pałacu nie uległy zniszczeniu ani rozkradzeniuPaweł Dybicz (red.), Zakłamana historia powstania warszawskiego, t. I, Fundacja Oratio Recta, Warszawa 2014, , s. 251–252..
Od listopada 1944 pałac jest własnością państwa. Pełnił w tym czasie funkcję m.in. składnicy muzealnej Ministerstwa Kultury i Sztuki, a od 1979 r. jest siedzibą muzeum (od 1992 Muzeum Zamoyskich w Kozłówce).
W pałacu kręcono amerykańsko-brytyjski film wojenny z 2004 – Aryjska para.