Na czternaście sekund przed zbliżeniem, Giotto został uderzony przez „dużą” cząstkę pyłu. Uderzenie to spowodowało odchylenie wektora momentu pędu o 0,9°, i statek zaczął wykonywać ruch nutacyjny wokół nowej osi z okresem 16 s i amplitudą 0,9°. Przez następne 32 minuty dane były odbierane w sposób przerywany. Niektóre instrumenty uległy w tym czasie różnym uszkodzeniom. Inne, np. czujniki detektora pyłu, camera baffle, deflecting mirror, zostały wystawione na działanie cząsteczek pyłu powodujących degradację przyrządów. Mimo tego, większość przyrządów przetrwała to zbliżenie z małymi lub nieznaczącymi uszkodzeniami. W wątpliwym stanie lub częściowo uszkodzone były: aparat fotograficzny (później przestał działać w ogóle) i jeden z analizatorów plazmy (RPA). Całkowicie przestały działać: spektrometry masowe i po jednym czujniku z detektorów pyłu i analizatorów plazmy (JPA).