Jego pozycja ucierpiała podczas przewrotu pałacowego w 1741 roku, jednak szybko powrócił do łask, stając się ulubionym architektem cesarzowej Elżbiety Romanowej, która powierzała mu najważniejsze projekty w stolicy i okolicy. W 1743 roku zainstalował w przebudowywanym na zlecenie cesarzowej Pałacu Zimowym Bursztynową Komnatę. W 1744 roku otrzymał zlecenie projektu jej rezydencji letniej w Kijowie – Pałacu Maryńskiego. W 1845 roku rozpoczął prace nad przebudową pałacu Peterhof, otwartego ponownie w 1755 rokuInne źródła podają lata przebudowy pałacu jako 1746–1755, zob. Encyclopaedia of St. Petersburg.. W latach 1748–1764 według projektu Rastrellego wzniesiono w Petersburgu kompleks klasztorny Monasteru Smolnego, przy czym gmach soboru został ukończony dopiero w 1835 rokuInne źródła podają lata budowy kompleksu jako 1748–1757, zob. Encyclopaedia of St. Petersburg.. W 1748 roku Rastrelli sporządził bardzo podobny projekt cerkwi św. Andrzeja w Kijowie. Również w 1748 roku Rastrelli rozpoczął prace nad pawilonem ermitażu w Carskim Siole, zbudowanym w 1749 roku. W 1752 roku Rastrellemu powierzono przebudowę Pałacu Katarzyny w Carskim Siole, który miał się stać „rosyjskim Wersalem”. W 1755 roku przeniósł tu z polecenia carycy Bursztynową Komnatę. W latach 1754–1762 poprowadził budowę Pałacu Zimowego.