Pod koniec XVI wieku miasto stało się świadkiem wydarzeń zapowiadających wielki kryzys dynastyczno-państwowy na przełomie XVI i XVII wieku, który otrzymał nazwę wielkiej smuty. Po śmierci Iwana Groźnego w 1584 jego młodszy syn i jedyny następca nowego cara Fiodora – Dymitr Iwanowicz został zesłany przez Borysa Godunowa do Uglicza. Tu 15 maja 1591 ośmioletni wówczas chłopiec został znaleziony martwy z rozerżniętym gardłem na dziedzińcu pałacu. Podejrzenie natychmiast padło na głównego doradcę cara – Borysa Godunowa. Oficjalne śledztwo bojara Szujskiego stwierdziło we wniosku końcowym, że śmierć Dymitra była nieszczęśliwym wypadkiem. Wyrwano serce dzwonu, który oznajmił śmierć Dymitra. W Tobolskim Kremlu w dalekim rogu wisi «wygnanij» dzwon, który bił na alarm po zabójstwie carewicza Dymitra. Niewyjaśnione do końca okoliczności śmierci carewicza spowodowały później wieloletnią wojnę domową, gdy po śmierci ostatniego z Rurykowiczów, Fiodora Borys Godunow objął władzę.