Monarsze plany centralizacji starły się jednak przede wszystkim ze stopniowym zbliżeniem stanów poszczególnych krajów, które przebyły drogę od wzajemnej nieufności do wspólnych dążeń o umocnienie stanowego i federacyjnego charakteru Korony Czeskiej. Spory ustrojowe nałożyły się na konflikty religijne związane z reformacją, rozwijającą się od początku XVI w. Habsburgowie pozostawali katolikami, natomiast większość stanów Korony, w tym książęta śląscy, przyjęła protestantyzm. W rezultacie protestantyzm zaczął być utożsamiany z ideą samorządności, a katolicyzm z tendencją do centralizacji i wzmocnienia władzy monarszej.