Graniczy bezpośrednio z oczodołem, stanowiąc zarazem jego dno. Dno zatoki szczękowej – czyli ściana dolna jest utworzona przez wyrostek podniebienny szczęki i częściowo przez wyrostek zębodołowy szczęki. Kość tworząca tę ścianę jest zwykle bardzo gruba. Najniższe miejsce dna zatoki odpowiada położeniu pierwszego zęba trzonowego. Do zatoki mogą wnikać korzenie zębów trzonowych i przedtrzonowych. Podstawa zatoki szczękowej, inaczej ściana przyśrodkowa – znajduje się w niej duży, nieregularny otwór rozwór szczękowy, który łączy zatokę z jamą nosową. Rozwór ten jest znacznie pomniejszony przez otaczające go kości.
Zatoka szczękowa otwiera się do jamy nosowej w przewodzie nosowym środkowym. Ujście jej jest bardzo niekorzystne, gdyż umiejscowione jest tuż przy stropie zatoki. Utrudnia to znacznie drenaż i opróżnianie zatoki z wydzieliny śluzowej lub ropnej.
Pojemność każdej zatoki szczękowej wynosi średnio ok. 24 cm³Anatomia głowy dla stomatologów, W. Łasiński, 1993 rok, s. 67.
Choroby zatoki szczękowej ostre zapalenie zatoki szczękowej przewlekłe zapalenie zatoki