6 sierpnia 1946 w kościele odbył się pogrzeb ponad 5 ton prochów ofiar powstania warszawskiego, które następnie w 117 trumnach przetransportowano na powstający Cmentarz Powstańców Warszawy przy ul. Wolskiej w Warszawie.
Prace remontowe, mające na celu usunięcie najpoważniejszych zniszczeń, wywiezienie gruzu i doprowadzenie kościoła do stanu umożliwiającego odprawianie nabożeństw trwały do 1948 – wtedy to świątynia została udostępniona wiernym. Jednym z powojennych wikariuszy w tej parafii był ks. Florian Klewiado, późniejszy Generalny Dziekan Wojska Polskiego.
W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.
3 grudnia 2006 kard. Józef Glemp podniósł kościół do rangi sanktuarium diecezjalnego - Sanktuarium Matki Zbawiciela (tytuł pochodzi od nazwy wizerunku Matki Bożej czczonej w kościele).
Świątynia pełni funkcję kościoła akademickiego dla Politechniki Warszawskiej (siedziba Duszpasterstwa Akademickiego „Sandał”).