Doktryna i liturgia Według własnej deklaracji PNKK w RP opiera doktrynę na Piśmie Świętym, tradycji pierwszych wieków chrześcijaństwa oraz wyznaniach wiary przyjętych przez sobory niepodzielonego Kościoła. Kościół zalicza się do nurtu starokatolickiego i uznaje ustrój episkopalny oraz historyczną posługę biskupów, nie przyjmuje jednak dogmatu o nieomylności papieża ani jego powszechnej jurysdykcji.
Liturgia jest sprawowana w języku narodowym. W samoopisie Kościoła podkreślane są synodalność, udział wiernych świeckich w podejmowaniu decyzji oraz nawiązanie do idei narodowokatolickich Franciszka Hodura. Informacje te przedstawiają stanowisko samej wspólnoty i nie przesądzają o uznawaniu jej doktryny, urzędów ani sakramentów przez inne Kościoły.
Ustrój i organizacja PNKK w RP określa swój ustrój jako episkopalno-synodalny. Najwyższym organem ustawodawczym jest synod, natomiast bieżącą działalnością kierują administrator i Rada Kościoła.