Obawiano się także, że planowane stałe zasilanie kanału wodą w ilości 6 m³/s będzie skutkowało utrudnieniami w żegludze (szczególnie w okresie letnim).
W 1906 roku przeprowadzono konsultacje z mieszkańcami rejonów przyszłej budowy, podczas których ustalono zasady racjonalnej gospodarki wodnej w rejonie Wielkich Jezior Mazurskich, zadeklarowano włączenie do projektu odpowiedniej liczby zbiorników retencyjnych, budowę śluz oszczędnościowych, a także ustalono wielkość poboru wody na 3 m³/s. Projekt budowy Kanału Mazurskiego ukończono w 1907 roku i został on ostatecznie przyjęty przez Pruski Parlament Krajowy 14 maja 1908 roku. Na realizację inwestycji została przydzielona kwota 16 515 000 marek (w tym 1 815 000 marek przeznaczono na budowę zbiorników retencyjnych).
Budowa W ramach wstępnego etapu realizacji inwestycji utworzone zostały dwa Urzędy Budownictwa Wodnego, które podlegały Prezydentowi Rządu w Królewcu, przy czym każdy z nich prowadzić miał prace na innym odcinku budowy. Została ona podzielona w następujący sposób: I odcinek – od Łyny do linii kolejowej Gierdawy – Nordenburg (długość ok. 28 km), II odcinek – od linii kolejowej Gierdawy – Nordenburg do jeziora Mamry (długość ok. 22 km).