W celu zminimalizowania ryzyka powodziowego, na trasie Kanału Mazurskiego zaprojektowano trzy bramy bezpieczeństwa w postaci jazów walcowo-ruchowych: w rejonie śluz Leśniewo Górne, Piaski i Ozierki Wolnyje (ros.). (dwa jazy zlokalizowane są na terenie Polski, pozostałości trzeciego obiektu tego typu znajdują się na terytorium Rosji, w okolicach nieistniejącej dziś miejscowości Wickerau). Ponadto przy ujściu kanału z jez. Mamry dodano dodatkową bramę o szer. 8 metrów, której zadaniem jest bezpośrednia ochrona zasobów jeziora.
Kanał Mazurski na niektórych odcinkach – zamiast w typowym wykopie – poprowadzony został w kilkumetrowej wysokości nasypach. Umożliwiło to zmniejszenie różnicy poziomów pomiędzy poszczególnymi stopniami wodnymi i tym samym redukcję ich liczby do niezbędnego minimum. Po obu stronach kanału zaprojektowano też ścieżki holownicze o szerokości 3 m, a także miejsca mijania dla jednostek pływających i porty zimowe.