Rośnie także w mszystych turzycowiskach, zaroślach wierzbowych, też w bagiennych brzezinach i olsach torfowcowych. W optymalnych warunkach – nad zbiornikami dystroficznymi może być gatunkiem bardzo ekspansywnym i wówczas pełni istotną rolę w lądowaceniu takich akwenów. Jest gatunkiem tolerancyjnym wobec warunków świetlnych, ale najlepiej rośnie w umiarkowanym nasłonecznieniu i półcieniu. Preferuje siedliska umiarkowanie ubogie (mezotroficzne) i umiarkowanie kwaśne (pH od 5 do 6). Mimo znacznego często udziału czermieni w zbiorowiskach bagiennych jej rola w tworzeniu torfu jest niewielka ze względu na szybki rozkład jej zamierających organów.
Interakcje z innymi gatunkami Gatunek często tworzy jednogatunkowe agregacje. Wyróżnia się zespół z jego dominacją – Calletum palustris, ale też uznaje się czermień za gatunek charakterystyczny dla zespołu pła szalejowego Cicuto-Caricetum pseudocyperi. Podkreślane jest też bardzo częste występowanie czermieni w różnych zbiorowiskach klasy Scheuchzerio-Caricetea fuscae. Do gatunków, które najczęściej towarzyszą czermieni należą siedmiopalecznik błotny Potentilla palustris i bobrek trójlistkowy Menyanthes trifoliata. Na czermieni błotnej żerują wielożerne chrząszcze Tanysphyrus lemnae (ryjkowcowate).