Collegium stało się siedzibą Zakładu Fizycznego UJ. Od sierpnia 1914 do grudnia 1917 w budynku mieścił się szpital wojskowy. W czasie II wojny światowej wyposażenie sal i laboratoriów zostało całkowicie zniszczone, a do budynku 20 kwietnia 1940 wprowadził się Institut für Deutsche Ostarbeit (Instytut niemieckiej pracy na wschodzie). Po wojnie w zdewastowanym obiekcie przeprowadzono remont i wznowiono pracę dydaktyczną i naukową. W 1946 z Wilna do Krakowa przeniósł się profesor Henryk Niewodniczański, przed którym postawiono zadanie odtworzenia Katedry Fizyki UJ. W 1956 utworzono Instytut Fizyki UJ, a po jego przeprowadzce do nowych obiektów w 1964 budynek Collegium Witkowskiego został oddany Wydziałowi Filozoficzno-Historycznemu, który umieścił w nim Instytut Psychologii i Instytut Historii. Od 2002 jedynym gospodarzem jest Instytut Historii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Na początku XXI wieku gmach poddano gruntownym pracom konserwatorskim oraz zaadaptowano poddasze na cele dydaktyczne i naukowe. Prace z tym związane ukończono w 2003.
7 lipca 1988 budynek został wpisany do rejestru zabytków. Znajduje się także w gminnej ewidencji zabytków.