Podczas wojen napoleońskich w 1807 r. Bartoszyce znajdowały się w centrum politycznych wydarzeń, gdyż spotkał się tu król Prus Fryderyk Wilhelm III z carem Aleksandrem I. Car chcąc utrzymać Prusy, w wojnie przeciwko Napoleonowi, po swojej stronie, zagwarantował im zatrzymanie polskich nabytków terytorialnych. Efektem spotkania było podpisanie 26 kwietnia 1807 traktatu bartoszyckiego, który był układem sojuszniczym przeciwko Napoleonowi.
W wyniku pruskiej reformy administracyjnej z 1818 r. Bartoszyce trafiają do okręgu – powiatu ziemskiego (landkreis), którego stolicą jest Frydland.
Bartoszyce dość wcześnie uzyskały bezpośrednie połączenia kolejowe z innymi miastami Prus Wschodnich. linia Bartoszyce – Głomno – Iława Pruska – Królewiec o długości 58,36 km, otwarta: 24.09.1866 r. (eksploatowana przez: Wschodniopruską Kolej Południową – Ostpreussische Südbahn) linia Bartoszyce – Wiatrowiec – Korsze – Kętrzyn o długości 45,25 km, otwarta: 1.11.1867 r. (eksploatowana przez: Wschodniopruską Kolej Południową – Ostpreussische Südbahn)