Naloty we wrześniu 1939 roku nie uszkodziły obiektów zakładu. Po wkroczeniu Niemców do Fordonu budynki zostały zajęte przez oddziały Arbeitsdienstu, przygotowujące tereny położonej nieopodal Doliny Śmierci pod egzekucje tysięcy Polaków. Wkrótce potem, bo już w styczniu 1940, czynne było tu ciężkie więzienie dla kobiet. Zaczęły napływać transporty więźniarek polskich, które po odbyciu kary w fordońskim więzieniu wywożone były do obozów koncentracyjnych w Auschwitz i Ravensbrück. Do stycznia 1945 roku przewinęło się przez więzienne mury ok. 6300 kobiet, w tym kilkadziesiąt działaczek podziemia konspiracyjnego. Więzienie fordońskie należało do najcięższych zakładów karnych dla kobiet w okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie. Osadzano w nim wyłącznie Polki i Żydówki na mocy wyroków niemieckich sądów cywilnych za przestępstwa pospolite, a zwłaszcza wszelkie przejawy działalności antyniemieckiej.
Po roku 1945, w czasach stalinowskich, przebywały tu kobiety skazywane w procesach politycznych. W czasie stanu wojennego po 1981 wykorzystano to więzienie do internowania