Po 2002 roku budynek adaptowano do celów handlowo-usługowych.
Plany na przyszłość Wraz z odświeżeniem koncepcji Szczecińskiej Kolei Metropolitalnej stacja ma zostać przywrócona do funkcjonowania. Pociągi rozpoczynałyby bieg w Policach, a Niebuszewo byłoby ważnym węzłem przesiadkowym. Miałyby tu powstać parkingi dla samochodów (P+R) i dodatkowe przystanki tramwajowe i autobusowe. W ramach modernizacji stacji Szczecin Niebuszewo planowane jest m.in.: dobudowanie drugiego peronu, przedłużenie istniejącego przejścia podziemnego, budowa drugiego przejścia podziemnego oraz zainstalowanie wind łączących tunele z peronami. Równolegle z remontem stacji kolejowej miałaby zostać wykonana przebudowa układu drogowego i pętli tramwajowej oraz budowa pętli autobusowej. Planowane jest pozostawienie obecnej nazwy stacji bez zmian.
W ramach projektu Szczecińskiej Kolei Metropolitalnej, po północnej stronie dworca miała zostać zbudowana pętla autobusowa. W 2019 r. władze Szczecina poinformowały, że z powodu zmniejszenia finansowania przedsięwzięcia pętla autobusowa