Po roku 1995 w klubie funkcjonowały tylko dwie sekcje: pływanie i judo. Było to możliwe dzięki dużemu wsparciu finansowemu ze strony rodziców oraz współpracy z dyrektorami szkół, którzy udostępniali swoje obiekty (baseny, sale). Trening pływacki był prowadzony jedynie w kategorii wiekowej młodzika i juniora, natomiast sekcja judo rozpoczęła współpracę z Klubem Sportowym Gwardią Wrocław, co zapewniło ciągłość szkolenia.
Rok 1999 to duże zmiany w szkolnictwie. Zostały utworzenie szkoły gimnazjalne. W Gimnazjum nr 37 powstała klasa o profilu pływackim. Wtedy również zmieniły się – kierujące klubem do dzisiaj – władze „Juvenii”. Prezesem został Sławomir Kownacki, wiceprezesem Grzegorz Widanka, a sekretarzem Adam Samuel.
W 2000 roku klub zorganizował „Milenijną Sztafetę Pływacką 1000×50m” z okazji 1000-lecia Wrocławia. Zmagania uczestników trwały 12 godzin 11 minut i 3 sekundy. Wydarzenie to zostało wpisane do Księgi rekordów Guinnessa.
Najważniejsze imprezy cyklicznie organizowane przez MKS „Juvenia” Wrocław to: