W 1996 roku rozpoczęto współpracę z klubem sportowym Gwardia, która umożliwiła szkolenie w cyklu „od juniora do seniora”.
XXI wiek przyniósł medale na Mistrzostwach Polski reprezentantom klubu. W latach 2000–2005 trzy razy z rzędu (2000, 2001, 2002) zawodnicy sekcji judo zwyciężali w punktacji klubowej na Ogólnopolskiej Olimpiadzie Młodzieży. Aż czterdziestu reprezentantów przywoziło z tej imprezy medale, co świadczy o mocy drużyny MKS „Juvenia”.
Nie można również zapomnieć o sukcesach odnotowanych na arenie międzynarodowej. W 2000 roku Kamil Kazimierczak, Łukasz Koleśnik oraz Łukasz Błach na Mistrzostwach Europy we Wrocławiu zdobyli dwa piąte i jedno siódme miejsce. Rok później na Mistrzostwach Europy Juniorów w Budapeszcie Polskę reprezentował kolejny wychowanek Juvenii Paweł Śledziewski. Obecnie najlepsi zawodnicy w sekcji judo to Kamila Pasternak i Damian Szwarnowiecki.
Najlepsi zawodnicy sekcji judo:
Kamila Pasternak - Złota medalistka Europejskich Igrzysk Młodzieży (2012), Wicemistrzyni Europy Juniorek Młodszych (2013), Brązowa medalistka Mistrzostw Europy Kadetek (2014), multimedalistka Mistrzostw Polski.