Współczesna filozofia przyrody utraciła własną autonomię. Zajmuje się rozważaniami nad rzeczywistością materialną, opierając się o dorobek nauk empirycznych, uwzględniając ich metodologię i historię nauki. Podejmuje również problemy pomijane przez nauki empiryczne lub też zajmuje holistyczne stanowisko wobec człowieka i natury.
Od filozofii przyrody należy też odróżnić filozofię nauki, która za swój przedmiot bierze samą naukę, a nie przyrodę. Filozoficzna refleksja nad nauką obejmuje jej krytykę i analizę jej metod badawczych, a także badanie języka nauki.
Zagadnienia Zagadnienia występujące we współczesnej filozofii przyrody: problem elementarnych składników materii; natura czasu; natura przestrzeni; problemy nieskończoności czasu i przestrzeni; problemy prawidłowości zachodzących w przyrodzie, przyczynowości, determinizmu i indeterminizmu; istota życia i jego geneza; problem świadomości; problem matematyczności przyrody; podstawowe założenia filozoficzne nauk empirycznych; filozoficzne interpretacje teorii naukowych.
Historia filozofii przyrody Filozofia przedsokratejska thumb|200px|Pitagoras uznawał liczbę za podstawę rzeczywistości. Muzyka i matematyka tworzyły kosmiczną „harmonię sfer” (drzeworyt z końca XV w.