W pobliżu ujścia jej dno budowane jest przez osady piaszczyste, muliste i kamieniste. Wśród makrofitów dominuje rdestnica grzebieniasta, a obok niej występują rdestnice – drobna, nawodna i kędzierzawa. Inne stwierdzane gatunki to moczarka kanadyjska i rzęsa drobna. Wśród glonów nitkowatych stwierdzono przedstawicieli rodzajów Cladophora, Stigeoclonium, Rhizoclonium i Oedogonium. W Serafie w 2009 stwierdzono pierwsze w Polsce stanowisko moczarki argentyńskiej, potwierdzane w kolejnych latach.
Według badań monitoringowych z roku 2003 rzeka prowadziła wody pozaklasowe zarówno pod względem zanieczyszczenia fizykochemicznego i saprobowości, jak i skażenia bakteriologicznego. W 2017 roku potencjał ekologiczny jej wód został sklasyfikowany jako zły. Zadecydowała o tym zła ocena makrozoobentosu, podczas gdy stan makrofitów był umiarkowany. Przekroczone były również normy dobrego stanu ekologicznego dla kilku parametrów fizykochemicznych, w tym wszystkich form azotu, BZT5 czy przewodności elektrolitycznej. Stan chemiczny wód sklasyfikowano jako zły, przy czym przekroczenie dotyczyło jedynie PBDE w tkankach ryb oraz benzo-a-pirenu w wodzie. Jeden z wielu powodów zanieczyszczeń Serafy wynika z faktu przepływania jej dopływu – Malinówki – w bezpośrednim sąsiedztwie wysypiska śmieci w Baryczy.