Po wypowiedzeniu posłuszeństwa papieżowi w roku 1653, wbrew oczekiwaniom większości świeckich i duchowieństwa, jedność między chrześcijanami św. Tomasza nie została zachowana. Mniejszość zdecydowała się mimo wszystko pozostać wierna Rzymowi, nawet i za cenę utraty własnej tożsamości, większość – nie godząc się na dalszą zależność od Rzymu, a nie mając innego wyjścia – poddała się zwierzchności jakobickiego patriarchy Antiochii. Inaczej pozostaliby bez biskupów, bowiem rodzimi, indyjscy, powymierali, a ci konsekrowani przez katolików byli Europejczykami.
Wiek XVIII przyniósł kolejne podziały. Otóż jedna z grup indyjskich chrześcijan, zwana Puthencoor pod wpływem misjonarzy anglikańskich, weszła w ścisły kontakt z ich Kościołem. Miało to miejsce za pontyfikatu Mar Thoma VI, znanego także jako Dionysius I (1765–1808). Angielscy misjonarze, i finansowo, i politycznie wspierani przez swój rząd, czynnie włączyli się w życie chrześcijan indyjskich, pomagając m.in. Ittoopowi Rambanowi założyć seminarium duchowne w Kottayam w roku 1813. Takie działania przekonywały Hindusów do anglikanów.