Taki stan rzeczy trwał długo, bo aż do roku 1875, kiedy to patriarcha Mar Ignacy Piotr IV ostatecznie ekskomunikował reformatorów.
Ci ostatni znaleźli się w sytuacji nie do pozazdroszczenia, bo w chwili wykluczenia ich z Kościoła, poza garstką zwolenników, utracili wszystko – świątynie, majątek i wpływy. Stan zawieszenia trwał aż do roku 1889, kiedy to, przy pomocy misjonarzy anglikańskich, i za angielskie pieniądze, utworzyli niezależny Kościół Mar Thoma. W tamtym okresie rozwijał się on dość szybko, tak że w roku 1896 liczył już pół miliona wiernych.
Ważnym wydarzeniem było utworzenie w roku 1926 własnego seminarium duchownego w Kottojam, zaś w roku 1953 dokonano nowego podziału administracyjnego Kościoła na diecezje. Ale Kościół Mar Thomanie nie zachował jedności, i w wyniku buntu przeciwko rządom metropolity Juhanona, oskarżanego przez grupę księży o przeszkadzanie w działalności ewangelizacyjnej i przesadny instytucjonalizm, odłączyli się od Kościoła Mar Thoma i utworzyli własny – Ewangelicki Kościół Świętego Tomasza.